清華園原址為清康熙年間所建的熙春園的一部分。道光年間，熙春園被分成東西兩個園子，西邊的園子起名為“近春園”；東邊的園子仍名為“熙春園”。咸豐登基之后，就將東邊的熙春園改名為“清華園”了。 清華園是清代咸豐皇帝所賜。
今“清華園”工字廳后面的匾額題“水木清華”四字，兩旁有對聯(lián)一副曰：檻外山光歷春夏秋冬萬千變幻都非凡境；窗中云影在東西南北去來澹蕩洵是仙居。這“水木清華”四字典出晉謝叔源的《游西池》詩，“景昃鳴禽集，水木湛清華?！边@“湛”為澄清之意。因工字廳后有池，故有謝氏詩句，題為“水木清華”。
作為皇家園林康熙行宮(御園)的熙春園(清華園的前身)，地域二頃六十一畝，始建于清朝中葉康熙年間，建成于1767年(乾隆32年)，它與北京西郊的圓明園等五個苑囿號稱"圓明五園"，時值《紅樓夢》前八十回寫成不久。
道光年間，熙春園分為東、西兩部分，東部仍叫熙春園，賜于五子奕綜，西部叫近春園，賜于四子奕（言+寧）（咸豐），俗稱"四爺園"；另據(jù)近年史學家所見"皇家地圖"--圓明園外圍水鄉(xiāng)圖上，近春園處標有"瑞親王"（即道光四弟綿忻），因此"四爺園"之四爺是奕（言+寧），還是綿忻，尚無定論。咸豐即位將熙春園改為并親題"清華園"（匾額）。
咸豐十年英法聯(lián)軍焚燒圓明園，兵火殃及近春園，園內七、八幢齋堂軒榭逐漸敗破荒蕪，被稱為"荒島"。清華園的歷史已有233年，據(jù)史料記載清華園內曾有皇帝御題匾額11塊，她是目前西郊僅存的少數(shù)圓明園時代的建筑；這就不難看出保護清華園的重大意義。
1910年，美國用庚子賠款建造的“清華學堂”，即位于清華園內，這就是清華大學的前身。