肇源博物館建成于1999年7月18日，現(xiàn)于肇源縣文物管理所館所合一，合署辦公。館所現(xiàn)有在冊職工10人，館區(qū)建筑面積1440平方米,共設古動物化石、歷史文物陳列、革命英烈、建國五十年、前進中的肇源、“98”抗洪等到六個展廳?，F(xiàn)有自然、歷史、藝術等藏品897件，其中玉器、青銅器、瓷器、陶器等文物精品41件，古動物化石標本“王氏水?！蓖暾蕿閲鴥葍H見。
基本陳列——《肇源歷史文物陳列》展廳面積240平方米，主體陳列以時間順序和重要歷史事件為主線，充分利用白金寶遺址、小拉哈遺址、望海屯古城、大青山古戰(zhàn)場、衍福寺雙塔等國家、省、市級文物保護單位考古發(fā)掘實物資料，全面展示肇源從古至今的歷史發(fā)展進程，重點突出北方松嫩流域史前文明和青銅時代古橐離、古夫余族政治經(jīng)濟文化面貌的考證研究。同時對轄區(qū)遼金時期古城址、春捺缽行宮漁獵活動、出河店戰(zhàn)役，明清古驛路，站人文化等單元予以豐富的實物、圖片展示和文字介紹。此展展出文物藏品500余件。
專題陳列——《肇源古動物化石》、《肇源大地革命英烈》、《肇源民俗》、《“98”抗洪》、《前進中的肇源》五個展區(qū)?！墩卦垂艅游锘逢惲?，展廳面積180平方米，以轄區(qū)出土的鎮(zhèn)館之寶“肇源王氏水牛”骨架化石，松花江猛犸象、披毛犀等骨架化石為實物資料，結合背景彩繪和圖片說明，展示了第四紀更新世晚期（距今1.5—2萬年），肇源松嫩兩江古河床遠古動物的生存狀態(tài)，對古氣象、地理、生物之間的關系進行探討。展品100余件?！墩卦创蟮馗锩⒘摇逢惲?，展廳面積60平方米，主要通過檔案圖片、烈士英名錄和部分烈士生前所用實物等予以專題展示。該展以“東北抗聯(lián)十二支隊”、“十三省”以及解放戰(zhàn)爭和抗美援朝中犧牲烈士為主體，串聯(lián)出重要戰(zhàn)役、事件和重點人物，反映了肇源革命老區(qū)優(yōu)良的革命傳統(tǒng)和革命烈士英勇頑強、不畏犧牲的斗爭精神。展品120余件。《肇源民俗》陳列，展廳面積80平方米，重點展示肇源省級非物質文化遺產(chǎn)“古驛道站丁習俗”、“古建筑彩繪藝術”及民俗文物等項內容。《前進中的肇源》陳列，展廳面積150平方米，該展反映了建國以來肇源各個歷史時期的發(fā)展面貌，尤其是改革開放以來，肇源發(fā)生的巨大變化。通過一幅幅圖片、一件件實物，讓觀眾看到了一座美麗環(huán)保、和諧富裕的新肇源城。展品200余件?！丁?8”抗洪》陳列，展廳面積50平方米，該展以1998年松嫩流域發(fā)生三百年不遇特大洪水為主線，展示了原國家主席胡錦濤同志親臨肇源抗洪前線視察指揮，肇源人民與各級黨政部門、解放軍部隊密切配合、協(xié)同作戰(zhàn)，勇斗洪魔，譜寫了一曲眾志成城、堅強不屈、抗災自救、重建家園的壯麗凱歌。展品約300件。
全縣共有各類文物遺址105處，其中國家級1處、省級4處、市縣級100處。1999年12月，肇源博物館被省文化廳、省文物局評為“全省十大優(yōu)秀陳列展覽提名獎”；2001年11月，被黑龍江省委、省政府命名為“第三批愛國主義教育基地”。