福建君子峰國家級自然保護區(qū)始建于2003年2月，于2008年1月14日獲國務院批準晉升為國家級自然保護區(qū)。保護區(qū)位于武夷山脈中段東坡余脈，北緯26°19′03″-26°39′18″東經(jīng)116°47′21″-117°31′22″，橫跨福建省明溪縣的西北部和東部，涉及楓溪、夏坊、蓋洋、沙溪和夏陽5個鄉(xiāng)鎮(zhèn)的15個行政村，與福建龍棲山國家級自然保護區(qū)、福建閩江源國家級自然保護區(qū)相連。
保護區(qū)總面積為18060.5hm2，其中核心區(qū)面積為7497.6hm2，緩沖區(qū)面積為4035.8hm2，實驗區(qū)面積為6527.1hm2，是武夷山脈中段自然保護區(qū)的重要組成部分。
保護區(qū)屬于中亞熱帶海洋性季風氣候。年平均氣溫18.0℃，極端最低氣溫-8.1℃，極端最高氣溫39.1℃.年日照時數(shù)1767.1h。年平均降水量1737㎜，最高達2200㎜，主要集中在春夏雨季。降水天數(shù)178d，年蒸發(fā)量1374.7㎜，年降水量大于年蒸發(fā)量。
保護區(qū)內生物多樣性豐富，區(qū)內有維管束植物資源115目219科1692種。其中蕨類植物6目39科180種；裸子植物2目7科14種；被子植物107目173科1498種。其中國家Ⅰ級保護植物有南方紅豆杉、鐘萼木及歷史栽培的銀杏等3種；國家Ⅱ級保護植物有金毛狗、福建柏、香榧、鵝掌楸、凹葉厚樸、樟樹、閩楠、花櫚木、喜樹、香果樹等21種及花葉開唇蘭、浙江金線蘭、鐵皮石斛、小舌唇蘭、苞舌蘭等35種蘭科植物。
繁茂的森林植被成為動物理想的棲息地。區(qū)內脊椎動物有34目100科384種，魚類資源有5目13科49種，兩棲類2目7科26種，爬行類3目12科63種，鳥類17目47科197種，獸類8目21科49種。其中國家Ⅰ級保護動物有黃腹角雉、白頸長尾雉、蟒蛇、豹4種，國家Ⅱ級保護動物有花鰻鱺、虎紋蛙、穿山甲、白鷴、獼猴等34種。
保護區(qū)內生態(tài)環(huán)境優(yōu)美，不僅擁有十分獨特的自然景觀，而且保護區(qū)及周邊社區(qū)頗具本地特色的客家文化、民俗風情也得到保存。